凍干機制冷及真空問題的原因主要是制冷系統的配置合理性，壓縮機制冷量及配套膨脹閥等部件配置的有效性來決定的，當發生真空泵進水的現象時，排除制冷工況調整問題以外，比如膨脹閥的調節、制冷系統泄漏、制冷系統各壓力溫度指標異常的情況。制冷的問題可從以下角度考慮分析。
　　一切分析的前提要確定溫度、真空的有效性，判定真空測量儀器，溫度探頭的有效性，同時觀測溫度探頭測量點的合理性，包括探頭的位置及探頭和測量點的有效接觸情況。
　　1.冷凝器盤管溫度無法達到，或者無法保持，甚至反彈，說明制冷能力不足。這要從提升制冷能力入手，部分情況下，凍干機前箱的摻冷也會影響到盤管的溫度。
　　2.極個別的時候，可能會發生盤管堵的問題，可通過觀測盤管間的溫差，通常情況下，盤管間的溫差小于10℃是正常的，在達到穩態時，溫度小于5℃是比較合理的情況。另外，可結合盤管的結霜情況來判斷，如果在制冷劑蒸發的部位都不結霜，可能是有堵塞的情況。
　　3.真空泵進水，其實zui直接的現象是：泵頭真空值低于于盤管溫度對應的飽和蒸汽壓，水汽根據壓差直接流向真空泵。所以可根據盤管表面溫度查得對應的飽和蒸汽壓力，與泵頭真空壓力對比來判斷。此問題的解決，主要是真空泵組的配置問題，在滿足凍干機的真空極限，抽空速率的要求下，可進行真空控制優化，在系統真空抽下來之后，在大量升華階段，關閉真空泵組來進行有效改善。
　　4.在后箱有積水的情況下，在抽真空的時候，產生低沸，水汽進入真空泵，這要在清洗，化霜等階段進行具體的判斷。
　　5.如果制品中有不凝性氣體，那在升華過程中，水分遷移的過程中，不凝性氣體會影響盤管表面對水蒸汽的捕集。